Il faut que tous les fichiers utiles à ton projet soient rangés dans un seul et unique répertoire. Tout les réglages sont dans les préférences de Reaper et celles du projet.
Normalement tu dois pouvoir stocker dans un même répertoire tous les fichiers nécessaires et créer des sous-répertoires pour l'audio, les peaks, les backups (toujours utile de pouvoir repartir d'une ancienne version de ton projet) et même les impulsions de convolution utilisées par ton projet.
Ce fil pourra t'aider :
https://forums.cockos.com/showthread.php?t=224419
Sinon, Reno et Kenny Gioia ont fait des videos complètes sur le sujet.